沃拉西德尼的副作用涉及多系统，但通过规范管理可有效控制。肝损伤是需重点关注的副作用之一，表现为转氨酶升高或胆红素异常。其机制可能与药物代谢过程中对肝细胞的间接影响有关。应对策略包括：治疗前评估肝功能，治疗期间每月监测肝酶；若出现3级以上肝损伤（如转氨酶升高超过正常值5倍），需暂停用药并给予保肝治疗，待肝功能恢复后调整剂量或重启治疗。
胚胎风险是另一类严重副作用。沃拉西德尼可能通过抑制胚胎期IDH酶的活性，干扰胎儿正常发育，导致先天性畸形或流产。因此，育龄期女性在治疗期间及停药后至少6个月内需严格避孕，男性患者也需避免伴侣妊娠。治疗前应进行妊娠试验，治疗期间需定期复查。
其他常见副作用包括疲劳、恶心、腹泻及头痛，通常为轻度至中度，可通过对症支持治疗缓解。例如，恶心可通过分次进食、使用止吐药控制；腹泻需补充水分及电解质，必要时使用止泻剂。
